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遺伝子増幅について

 投稿者：やﾒｰﾙ  投稿日：2020年 1月20日(月)15時06分41秒 s9-sknsi04.minato.s.kaiyodai.ac.jp 		返信・引用 編集済
  初めてこちらを利用させていただきます。
学生です。

現在研究をしている内容について質問させていただきます。

目的配列を挟む形で、5’⇒3’方向のプライマーと3'⇒5’方向のプライマーを作製し、それらを用いて1st strand cDNAを鋳型として、PCR法により遺伝子を増幅する段階の話です。
現在、5’⇒3’方向のプライマーが3種類と、3'⇒5’方向のプライマーは2種類あるのですがこれらの組み合わせによって目的配列の一部数塩基が置換されてしまい、先行研究に対して再現性の得られない状況が続いています。

自分の知識では原因がわからず、こちらに来ましたが、プライマーの位置が変わるとそれによって挟まれている塩基配列が変わることはあり得るのでしょうか？

ご教示いただけると幸いです。
 		 

Re: 遺伝子カセットと遺伝子銃法

 投稿者：ＳＹ  投稿日：2020年 1月17日(金)12時22分12秒 i58-94-106-122.s41.a013.ap.plala.or.jp 		返信・引用
  すいません、誤変換してました。

誤：不定杯 　→　正：不定胚

でした。
訂正いたします。


> いつもありがとうございます。
>
> 機会がありましたら、ぜひ「遺伝子カセットによる組み換え」と「遺伝子銃法」について教えていただけますでしょうか。
>
> 特に、葉（の中の葉緑体）に遺伝子カセットにより組み替えられたベクター（プラスミド）を遺伝子銃で打ち込むと、なぜ新たに芽（シュート）が出てくるのかわかりません。不定杯にベクターを打ち込むなら、不定杯は元々植物体を発生させる機能があることから、新芽（シュート）が出ることは理解できるのですが、葉についてはわかりません。
>
> この分野はど素人ですので、一からご説明していただくことになると思いますが、機会がありましたら、お願いいたします。 		 

遺伝子カセットと遺伝子銃法

 投稿者：ＳＹ  投稿日：2020年 1月16日(木)14時55分34秒 i58-94-106-122.s41.a013.ap.plala.or.jp 		返信・引用
  いつもありがとうございます。

機会がありましたら、ぜひ「遺伝子カセットによる組み換え」と「遺伝子銃法」について教えていただけますでしょうか。

特に、葉（の中の葉緑体）に遺伝子カセットにより組み替えられたベクター（プラスミド）を遺伝子銃で打ち込むと、なぜ新たに芽（シュート）が出てくるのかわかりません。不定杯にベクターを打ち込むなら、不定杯は元々植物体を発生させる機能があることから、新芽（シュート）が出ることは理解できるのですが、葉についてはわかりません。

この分野はど素人ですので、一からご説明していただくことになると思いますが、機会がありましたら、お願いいたします。 		 

Re: ジンクフィンガーの構造に納得

 投稿者：なおさかﾒｰﾙ  投稿日：2019年12月31日(火)15時40分33秒 ZN148207.ppp.dion.ne.jp 		返信・引用
  > No.11[元記事へ]

浅井様、ご投稿ありがとうございます。
ジンクフィンガーの構造について、お役に立てたようでよかったです。
今後ともよろしくお願いいたします。
 		 

Re: 「塩基対と水素結合」ページ

 投稿者：なおさかﾒｰﾙ  投稿日：2019年12月31日(火)15時26分20秒 ZN148207.ppp.dion.ne.jp 		返信・引用
  > No.10[元記事へ]

ご投稿ありがとうございます。
本当ですね、「Ｋ殻」と「Ｌ殻」が逆になっていますね。
また、NH中のプラス／マイナスも逆ですね。
確認が不十分で、失礼しました。
早急に修正しておきます。

年末は忙しく、ページのチェックと更新が滞っています。
新ページも２つ完成直前なのですが、なかなか時間が取れません。
また落ち着いたら更新します。

この掲示板は、その存在すら気づいていない人が多いのではないでしょうか。
まぁ、今はそれでいいかと思っています。
あまりコメントが多くても私自身が対応できません。
なので、当面はこのままで行こうと思います。

今後ともよろしくお願いいたします。
 		 

ジンクフィンガーの構造に納得

 投稿者：浅井　脩ﾒｰﾙ  投稿日：2019年12月26日(木)12時23分59秒 global221-11-013.aitai.ne.jp 		返信・引用 編集済
  ジンクフィンガーの構造で亜鉛がＤＮＡ鎖の中心部に書かれた本があったり、東京大学の「人工ＤＮＡの研究」
https://www.jst.go.jp/kisoken/presto/complete/nanostructure/pdf/h14/07tanaka.pdf で金属イオンがＤＮＡ鎖の中心部に錯イオンとして取り込まれるとあってＣＣＣ４の構造ソフトでも解明できなくて困っていたところＮＳ遺伝子研究室に到着して親切に解説されていたので感激しました。脳出血で退院したての７３歳で残りの人生も限られてきました。５年程前足助高校でＤＮＡに銅メッキをする実験をしたり、ＤＮＡの取り出し実験で塩酸を加えたときに出現した（小保方晴子さんのＳＴＡＰ細胞と同年）染色体を光学顕微鏡観察し足助染色体と命名し、愛知サマーセミナーで毎年発表してきました。写真は主にFacebookに載せました。
https://www.facebook.com/osamu.asai.98
しかしＲＮＡのツリー構造としての記載された書籍は見つけましたがプレパラート上で数年後も消滅することもなく成長・複製・分裂する写真の掲載は見当たらず残念です。

http://www.hm.aitai.ne.jp/~osamuchn

  

「塩基対と水素結合」ページ

 投稿者：ＳＹ  投稿日：2019年12月25日(水)13時19分21秒 i58-94-106-122.s41.a013.ap.plala.or.jp 		返信・引用
  先日はコメントにご回答いただき、ありがとうございました。
これだけの訪問者数の割には、コメント数が少ないのはちょっと驚きです（笑）。

さて今回は、こちらのサイトを知るきっかけとなりました、『ＮＳ遺伝子研究室』の「塩基対と水素結合」ページについてです。化学を専攻しなかった者にとって、原子のｓ軌道、ｐ軌道についてあれほど分かりやすく図で説明しているものはなく、見つけたときはただただ感動しました。というか、高校化学では殻を天体のような図で説明して終わり、軌道をネットで調べようとすると、波動関数という難しい説明がいきなりでてきて、全く理解できませんでした。

さて、そこで気になったのはページ最初の軌道図です。「Ｋ殻」と「Ｌ殻」が逆に表示されているようです。つまりオレンジ色が「Ｋ殻」で緑色が「Ｌ殻」ではないかと。

あとも一つ、ページ後部でＤＮＡの塩基対について説明する、「NH中のN側に共有電子対が引き寄せられ、窒素(N)がややプラスの電荷を、水素(H)がややマイナスの電荷をもつ」ですが、窒素（Ｎ）はややマイナスの電荷、水素（Ｈ）はややプラスの電荷の間違いではないかと。

私もよく勘違いする方なので絶対間違っているとは言えませんが、一度ご確認いただければと思います。

あと勝手な希望ですが、コメント欄がも少し大きなスペースですと文章を入力しやすいです（笑）。ご検討いただければ幸いです。 		 

原核生物のDNA複製

 投稿者：有澤健治ﾒｰﾙ  投稿日：2019年11月10日(日)09時46分8秒 180-196-73-196.aichiwest1.commufa.jp 		返信・引用
  素早いご返答、ありがとうございます。

やはり、一旦、切れるのですね。
よくわかりました。 		 

Re: 原核生物のDNA複製

 投稿者：なおさかﾒｰﾙ  投稿日：2019年11月 8日(金)21時36分2秒 ZN148207.ppp.dion.ne.jp 		返信・引用
  > No.7[元記事へ]

ご投稿ありがとうございます。

環状のDNAを構成する２本のDNA鎖は、トポロジー的にそのままでは分離不可能なのは確かです。しかしDNA複製においては、DNAの二重らせんを解いたときに生じるねじれは、トポイソメラーゼという酵素によって解消されます。この酵素は、DNAの一方の鎖を切断し、その切れ目の間にもう一方の鎖を通して再び閉じる酵素です。この仕組みよって、複製フォーク前方の過剰なねじれを解消しながらDNA複製は進行します。こうすれば、最後には２つの娘DNA分子は分離できるはずです。

これで回答になっていますでしょうか？

最近は多忙のため更新を休んでいますが、さらなるサイトの準備は進んでいます。
今後とも当サイトを宜しくお願い致します。

 		 

原核生物のDNA複製

 投稿者：有澤健治ﾒｰﾙ  投稿日：2019年11月 8日(金)11時51分59秒 180-196-73-196.aichiwest1.commufa.jp 		返信・引用
  良いページをありがとうございます。

原核生物のDNA複製がわからなくて、このページを発見しました。
僕の理解では
(a) 原核生物のDNAはリングを形成している
(b) DNA は2重螺旋構造を持つ
です。
僕の疑問点は
2重螺旋構造を持つものがリングを形成している限り
剥がれて分かれることはトポロジー的に無理がある
という点です。
この点に関して説明があることを期待していたのですが、残念でした。
http://nsgene-lab.jp/dna_structure/replication-basic/ での説明は
2重螺旋構造をとっていなければ説明になっていますが...

説明している文献があれば教えて頂ければ幸いです。
 		 
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